澎湖群島為海底火山活動所形成的島嶼，位於臺灣的西南隅，是由近百個大小不等的島嶼、岩礁所組成。雖然島上地勢平坦，缺乏高山、森林，以及河川、湖泊等可供鳥類棲息繁衍的環境，但由於東亞候鳥遷移路線的中繼站，因此，在每年候鳥移棲的季節裡，總有為數眾多，形形色色的各種候鳥飛臨各個島嶼。在這些鳥類當中，除了本島各地長見的鷸、[行鳥]科岸鳥，以及鷺科、雁鴨科等鳥類之外，又以每年夏季時，出現在大、小貓嶼及雞善嶼、錠𦏸嶼等無人島上繁殖的燕鷗科鳥類最具特色。
根據以往澎湖縣治記載，以及學者的調查，澎湖地區的鳥類，有13目36科104種【註一】。而近年來，經由澎湖當地熱衷賞鳥的人士，有系統而連續的經年調查，加以臺灣各地鳥會人士陸續的前往賞鳥、調查，更使澎湖地區累積記錄的鳥種，達到14目40科157種之多【註二】。這些鳥種記錄，若以遷留澎湖群島的情形加以區分，又可歸納出候鳥約佔五分之四(其中半數為冬候鳥)，留鳥及迷鳥約佔五分之一，顯示澎湖地區鳥類的組成，遷移性的候鳥是其主要的種類。
澎湖地區鳥類的棲息環境，大致而言，各島岸邊的潮間帶，主要是鷸、[行鳥]等岸鳥覓食的場所；而幾個水庫地區，則是鷺鷥、水鴨等鳥類的棲息場所。至於留鳥以及一般陸棲的候鳥如鶇科、雀科、鶯科等種類，則普遍出現於本島各地零散的防風林、農墾地或水庫的週邊地帶。
以分佈地點而言，澎湖本島部份的鳥類，主要是集中出現在興仁、青螺、成功等三地區；此因這三地區附近均有沼澤、濕地或魚塭、矮叢等環境，隱密性良好，適合鳥類的棲息。
至於離島部份，南海主要是以大、小貓嶼，及其附近的無人小島為主，多數的燕鷗候鳥大至都在此繁殖。北海部份，近年來燕鷗鳥類已逐漸轉至東北海大、小雞善嶼、錠𦏸嶼等島上繁殖。
整體來說，澎湖本島遍佈著各種的候鳥和少數的留鳥種類，而南海、東海的鳥類，則以鷗科居多，尤其被列為保護的玄燕鷗、蒼燕鷗、紅燕鷗、白眉燕鷗，更是此兩地的主要鳥種。
另外，值得一提的是澎湖的麻雀和小雲雀，這兩種留鳥是澎湖最普遍且數量最多的鳥類，其鳥種與臺灣所產略有不同，分屬於不同的亞種。
澎湖地區鳥類的移棲活動，以每年春季的一至四月間最為頻繁，此時候鳥的種類與數量均達於全年最高騟，至五月份後，則漸次減少。夏季六、七月間，是鳥類種數最少的時期。而秋季的九月至十二月間，則為鳥況次佳的季節，此時是候鳥向南遷徙準備度冬的季節，因此仍有種類及數量甚多的過境鳥和冬候鳥出現。
澎湖既為散佈海中眾多島嶼及岩礁所組成之島群，依海島地理特性，應不乏許多海洋性鳥類棲息其間；但綜觀島嶼鳥類的組成以及棲息環境的情況，可以發現具有代表性的海鳥種類，均局限於部份無人島上棲息的各種燕鷗而已。證諸史料文獻記載可知本世紀初，澎湖地區仍是一處可見短尾信天翁、黑腳信天翁等大型海鳥普遍出現及繁殖(貓嶼)的場所【註三】。但自1930年代中期以後，這些信天翁即已甚少出現澎湖地區【註四】！這種結果，人類活動的騷擾可能是最主要的因素。如今，「往者已矣，殷鑑不遠」，對於目前貓嶼等無人島燕鷗族群的未來，最重要的應是積極採取有效的保護措施，加以妥善的規劃管理，期使珍貴的自然資產得以永續綿延。