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澎湖群島位於台灣的西南方，由大大小小將近一百個島嶼所組成。由於地表平坦，地形單調，因此島上生物歧異度低，自然資源有限。然而，複雜變化的海岸地形，景觀秀麗的玄武岩，特殊的動植物資源，卻也使得澎湖成為海上的明珠。
澎湖地處東亞候鳥遷移路線的中繼站，每年春秋過境期，總有形形色色的候鳥飛臨。其中，最具特色的要算是每年夏季出現在各海島繁殖的燕鷗類了。澎湖無人島由於孤懸海上，人類干擾較少，因此成為燕鷗的天堂。每年夏季在貓嶼繁殖的燕鷗超過萬隻以上，因此，政府於民國八十年公告為「海鳥保護區」，以保護這些珍貴的燕鷗。北海的雞善嶼、錠鉤嶼和小白沙嶼因玄武岩景觀秀麗，也於民國八十一年公告為「玄武岩自然保留區」，雖未成立鳥類保護區，卻也間接達到保護鳥類的目的。
在澎湖繁殖的燕鷗總計有六種，包括玄燕鷗、白眉燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、小燕鷗和鳳頭燕鷗等。其中玄燕鷗僅繁殖於南海，而且95以上%築巢於貓嶼，光貓嶼一地，每年平圴數量約在3000隻。白眉燕鷗則廣佈於南北海，也以貓嶼為最大繁殖地，數量約有3000-6000隻；北海則以北鐵砧嶼和錠鉤嶼數量最多，合計約2000隻左右。在南海，紅燕鷗則僅繁殖於後袋仔嶼，偶而散見其他小島，數量約為1500隻；北海則主要繁殖於雞善嶼和小白沙嶼，白公嶼與烏公嶼數量也不少，總計數量約在3500隻。蒼燕鷗則零星散佈於各無人島或岩礁，各島數量不超過50隻，但活龍灘約有200隻，是目前數量最多且最穩定的地點。小燕鷗築巢於沙灘，多數沙灘都為人類利用，所以僅在活龍灘、吉貝及險礁有繁殖族群，其中活龍灘數量穩定，約有300隻。而鳳頭燕鷗則是澎湖繁殖的燕鷗當中最不穩定的，由於體型碩大，密集築巢，蛋很容易成為漁民撿拾的目標，所以常因為人類的驚擾或撿蛋行為更換築巢地。目前較穩定的繁殖地點有南海的頭巾嶼和南鐵砧嶼，北海的雞善嶼，全部數量約在1500左右。
燕鷗（tern）是一群隸屬於鷗科（Laridae）的海洋性鳥類，廣泛分布於各海洋。牠們的共同特徵是腿短，兩翼長而尖，尾呈叉形或凹形，嘴尖細；飛行輕盈，常徘徊於水面上空，然後俯衝入水啄取水中魚類（約翰．馬敬能等,2000）。
燕鷗大部份分布於全球熱帶至溫帶之海域（Harrison,1983），全世界有44種，目前台灣本島及其附屬離島有記錄者共有6屬16種，澎湖有6屬12種，其中6種在澎湖有繁殖記錄，是屬於澎湖的夏候鳥。
本計畫監測燕鷗簡介
小燕鷗 Sterna
albifrons Little Tern
體長及展翅：L22-28cm W47-55cm
野外特徵：繁殖羽：嘴黃色，末端黑色，腳橘黃，額白色，頭頂至後頸、過眼線黑色，頭至頸部、胸以下白色，背部灰色。非繁殖羽似繁殖羽，但嘴、腳黑褐色，頭頂黑色變淡變窄。幼鳥似非繁殖羽，頭頂至後頸、背部有褐色斑。
生態習性：分布於熱帶、溫帶的海岸、河口、沼澤及魚塭，選擇附近有較淺和潔淨的水域的沙灘或礫石灘築巢。主要以魚及甲殼為食，偶爾也吃昆蟲；覓食時，常會在空中定點鼓翼，瞄準目標後即俯衝入水捕食。澎湖地區為局部普遍夏候鳥，大都集中在北海一帶的沙洲繁殖。3月份即零星可見，4月中時還是零零散散，直到4月底，下蛋的前1-2天才集體出現在活龍灘。築巢於砂灘地，以灘地上的小珊瑚碎屑、貝殼碎片累積成巢，或直接坐一淺坑即下蛋。每巢產卵1~3個，卵為乳白色，上佈淺色褐斑，外形較其他燕鷗小且尖，雌、雄輪流孵卵和育雛，孵化期約19天，大約6月中即全數離開活龍灘。以往青螺、山水、險礁、小白沙皆有繁殖，近年北海的活龍灘為其最大的集體繁殖地，數量約300隻，吉貝也有數拾左右繁殖。
  
（攝影者：鄭謙遜）
蒼燕鷗 Sterna
sumatrana Black-naped Tern
蒼燕鷗（攝影者：鄭謙遜）
體長及展翅：L30-32cm W64cm
野外特徵：全身大致白色，嘴、腳黑色，過眼線延伸至後頭均為黑色。冬、繁殖羽無變化。幼鳥似成鳥但頭上黑色較淡，背面有黑褐色斑紋。
生態習性：分布於熱帶西太平洋、印度洋沿岸島嶼，主要以日本銀帶鯡為食（俗稱丁香魚），通常單獨到數隻覓食，發現獵物後，直接俯衝入水取食。澎湖地區為普遍夏候鳥，但族群數量不多。廣佈於澎湖南、北海無人島的岩礁、沙灘上。大約5月初到達澎湖，8月底陸續遷離，但少數會留到10月初。剛到時常見大群聚集停棲在岩礁或沙洲上，繁殖期開始後，則多數成對或小群出現。約在5月中、下旬開始下蛋，通常下蛋於岩礁上，亦有以細小珊瑚碎屑為巢材或築巢於小礫石堆中，除了下卵於岩礁、岩壁外，其他環境多數會叼周圍的物質當巢的底質，巢位則多數分布於島嶼的周邊。每巢卵1~2個，卵為乳白色，上佈淺色與深色褐斑。孵化期約23天，雌、雄輪流孵卵和育雛。生性兇悍，遇人入侵，則先以俯衝伴隨叫聲恫嚇，再則以糞便投之，最後甚至以腳拍打或以喙啄之。近年北海的活龍灘為其最大繁殖地，數量約有200隻。
 
（攝影者：鄭謙遜）
紅燕鷗 Sterna
dougallii Roseate Tern
公鳥銜來禮物求愛（攝影者：鄭謙遜）
體長及展翅：L33-43cm
W72-80cm
野外特徵：繁殖羽：嘴腳朱紅色，嘴末端黑色，頭頂至頸後為黑色，背部淡灰色，頭至頸部，胸以下白色，但繁殖初期，胸前稍沾玫瑰紅色。停棲時，尾羽較翼羽長。非繁殖羽：大致似繁殖羽，但嘴黑色，腳暗褐色，額、頭頂白色有黑色縱紋；幼鳥額、頭黑色，夾雜白色縱紋；背灰沾褐色斑。
生態習性：棲息於海岸、島嶼、岩礁，主要以日本銀帶鯡為食，通常單獨到百隻左右覓食，發現獵物後，直接俯衝入水取食。每年大約5月初到達澎湖，剛到時，成群出現在非繁殖島的岩礁，直到下卵的前一週，才會出現在繁殖島的附近岩礁。下蛋的前一天才會上島到繁殖區。約5月底開始下蛋，無明顯的築巢行為，集體繁殖於島嶼四週斜坡的草地上、有遮蔭的露岩旁或沙灘上，巢位緊密，平均約80公分。每巢產卵1~2個，卵呈淡褐色，散佈暗褐色粗斑。雌、雄輪流孵卵和育雛，孵化期約23天。
本種主要分布於熱帶及小部分的溫帶地區。澎湖地區為普遍夏候鳥，繁殖於南、北海的無人島上。北海以雞善嶼和小白沙嶼為最大棲息地，南海主要繁殖於後袋仔嶼，但這幾年因為「牧羊事件」族群遷移，基籠嶼這幾年出現的紅燕鷗，有可能是後袋仔嶼原來的族群。由近年繫放回收資料顯示，來澎湖繁殖的紅燕鷗，冬季南遷至澳洲的大堡礁度冬。
  
（攝影者：鄭謙遜）
其他燕鷗簡介
白眉燕鷗 Sterna
anaethetus Bridled Tern
體長及展翅：
L35-38cm W76-81cm
野外特徵：繁殖羽：嘴、腳黑色，頭頂至後頭為黑色，前額白色延伸至眼睛上方，過眼線黑色，背部暗褐色；非繁殖羽：背面淡灰褐色有白色羽緣。
生態習性：群棲性，棲息於海洋中島嶼的岩壁、岩礁、坡地地帶，常見停棲於漂流物上，以小魚和甲殼類為食。多數在開闊的海域，成單隻或鬆散的小群獵食，覓食時，多以滑行水面啄食。繁殖季初期，通常一齊在晚上到達繁殖地，白天則遠離繁殖地，直到兩週後白天才出現在繁殖地，後來白天在繁殖地的時間慢慢加長，而下蛋的前幾天，白天出現在繁殖地的時間反而很短，待下蛋後才全天出現在繁殖地。同步下蛋的跡象不明顯，且巢距多在2公尺以上。在巢區向同種宣告領域用點頭的方式，或是大張嘴且舌頭顫動。若在領域上有爭執時，則會彼此面對面不停的點頭，且後頭的羽毛翹起，嘴張開，在擊退入侵者後，常會發出宣告領域的叫聲。在繁殖地常發出聲音，警戒時發出似狗的叫聲，且整晚保持煩躁不安的樣子，或是鳴叫。常見用喙理毛，以頭在肩部磨擦和用腳在喙部和頭部抓癢，且經常在空中抓癢。約4月底到達澎湖，9月中、下旬離開澎湖。5月底開始下蛋，無明顯的築巢行為，巢通常位於隱密處，喜下蛋於岩堆下的遮蔭處、岩縫或草叢內，每巢一蛋，為乳白色，上佈棕色細斑。孵化期26-32天，雌、雄輪流孵蛋、育雛，以反芻方式餵雛。澎湖地區為普遍夏候鳥，繁殖於南、北海的無人島上。南海以頭巾嶼、後袋仔嶼和貓嶼較多，其中貓嶼為最大繁殖地，近年數量在6000以上；在北海主要繁殖於北鐵鉆嶼和錠鉤嶼。
玄燕鷗 Anous
stolidus Brown Noddy
體長及展翅：L38-45
cm W75-86cm
野外特徵：嘴、腳黑色，全身大致為暗黑褐色。額至前頭灰白色，頭頂至後頭淡紫灰色，下眼圈有白色細斑；飛行時，尾羽常呈雙楔形。
生態習性：分布於全球熱帶海洋島嶼，為海洋性鳥類，日間覓食，以軟體動物、小魚和飄浮物為食，主要採取抵踏型取食，有時也會在有月光的夜晚覓食。繁殖季初期時，可能在繁殖地附近的海面上休息，形成大族群，有時亦會停棲在漂浮的物體或動物上；通常在傍晚後到達繁殖地，有些會在夜間到，而日出之後馬上離開。隨著繁殖期的接近，白天活動的範圍越來越靠近貓嶼，直到四月中，清晨和傍晚才可以在貓嶼附近海域見到牠們的踪影。隨著天色的漸暗，牠們才會飛到岩礁上棲息，多數個體在此時理羽或求偶、交配，然後才成對飛上岩壁尋找築巢地點，這期間為了爭奪巢位，會相互攻擊，從崖壁上啄到崖底，這樣的行為模式一直持續到4月底才開始下蛋。產卵前大多數會用少量的枯草舖巢，有些亦直接產卵於陡峭岩壁的淺窪中，每巢一蛋，呈淡乳白色，有棕色及灰色斑點散佈其上。雌、雄一起築巢，輪流孵蛋、育雛，以反芻方式餵雛。經過35-40天的孵化，白絨絨的雛鳥破殼，一週後絨毛才開始漸漸褪去，露出與成鳥相同的巧克力色羽色。經過了40-50天的育雛，部分的玄燕鷗會先行離開，直到10月下旬，整個族群才會完全遷離澎湖。澎湖地區為局部普遍夏候鳥，貓嶼為最大棲息地與繁殖地；南鐵鉆嶼、頭巾嶼亦發現繁殖，但數量相當少。北海則偶爾發現數隻，未曾發現繁殖。
鳳頭燕鷗 Thalasseus
bergii Greater Crested Tern
體長及展翅：L48 W127cm
野外特徵：繁殖羽：嘴黃，腳黑色，頭頂至後頸黑色，後頭有羽冠。前額、頭、頸至胸以下大致為白色，背部鼠灰色。非繁殖羽：大致似繁殖羽，但頭頂變白有黑色細紋。
生態習性：分布於太平洋、印度洋的沿岸、島嶼。通常出現在海岸岩礁、港口、河口地帶。飛行時，振翅動作較其他小型燕鷗慢，並常發出嘶啞不連續的嘎聲。比起其他燕鷗較常進入漁港覓食。築巢於有草的旱地上，環境與紅燕鷗相似，但通常位於島嶼較高且平坦的地方，每巢一蛋，同步下蛋情況是澎湖繁殖燕鷗中最明顯的，雌、雄輪流孵卵和育雛，孵化期約29天。
澎湖地區為普遍夏候鳥，大約3月份就零星出現在澎湖，但生性機警，下卵前，若受干擾即集體放棄繁殖地，所以，每年下蛋的時間不定，通常都在6月以後。目前頭巾嶼的族群最穩定，每年約有400~800隻群集繁殖；近年北海雞善嶼的族群也算穩定，約400~600隻，去年更高達1200隻。每年五月初可於吉貝西北的離岸沙洲觀察到近200隻族群；此外，退潮時常可在活龍灘觀察到集體水浴的景象。
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